La colección permanente del Museo de Prehistoria y Arqueología constituye un completo conjunto de materiales que ofrecen un vivo testimonio de la vida y costumbres de los habitantes de Cantabria desde la Prehistoria hasta la Edad Media. Entre los objetos más destacados, figuran objetos recogidos de las cuevas de Altamira y Puente Viesgo y una colección de estelas cántabras gigantes además de otros elementos antropológicos. Fue fundado por el investigador Dr. Carballo