El Museo fue creado en el siglo XIX. Desde 1994 se encuentra instalado en la sede de la Real Academia Nacional de Farmacia. Sus colecciones proceden fundamentalmente de la propia Real Academia Nacional de Farmacia, bien en su discurrir histórico o bien de donaciones efectuadas por Académicos, Departamentos Universitarios, Farmacéuticos y particulares. Comprende objetos diversos entre los que hay que destacar: una farmacia madrileña del siglo XIX, objetos propios de la Real Academia Nacional de Farmacia, instrumental científico y profesional, recipientes para la reposición de medicamentos, minerales, medallas y placas honoríficas, productos químicos y medicamentos, documentos, libros, escultura, uniformes, fotografías, pinturas y dibujos.